1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
|
#ifndef MP_H
#define MP_H
#include <armadillo>
namespace mp {
// Distance-related
typedef double (*DistFunc)(const arma::rowvec &, const arma::rowvec &);
double euclidean(const arma::rowvec &x1, const arma::rowvec &x2);
arma::mat dist(const arma::mat &X, DistFunc dfunc = euclidean);
void knn(const arma::mat &dmat, arma::uword i, arma::uword k, arma::uvec &nn, arma::vec &dist);
// Evaluation measures
typedef arma::vec (*MeasureFunc)(const arma::mat &distA, const arma::mat &distB);
arma::vec neighborhoodPreservation(const arma::mat &distA, const arma::mat &distB, arma::uword k = 10);
arma::vec silhouette(const arma::mat &distA, const arma::mat &distB, const arma::vec &labels);
// Techniques
arma::mat lamp(const arma::mat &X, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys);
void lamp(const arma::mat &X, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys, arma::mat &Y);
arma::mat plmp(const arma::mat &X, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys);
void plmp(const arma::mat &X, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys, arma::mat &Y);
arma::mat pekalska(const arma::mat &D, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys);
void pekalska(const arma::mat &D, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys, arma::mat &Y);
//arma::mat lsp(const arma::mat &X, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys, int k = 15);
//void lsp(const arma::mat &X, const arma::uvec &sampleIndices, const arma::mat &Ys, arma::mat &Y, int k = 15);
arma::mat forceScheme(const arma::mat &D, arma::mat &Y, size_t maxIter = 20, double tol = 1e-3, double fraction = 8);
arma::mat tSNE(const arma::mat &X, arma::uword k = 2, double perplexity = 30, arma::uword nIter = 1000);
void tSNE(const arma::mat &X, arma::mat &Y, double perplexity = 30, arma::uword nIter = 1000);
} // namespace mp
#endif // MP_H
|
